20世纪末の现代、高校生の火野ヤマトは体育馆で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を见る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「见知らぬ女性」の声が闻こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって运ばれた先は1万年前に地殻変动で海に沈んだはずのムー大陆であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが选んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守护神こそ、彼を现代から过去に运んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する势力であるドラゴニアが袭来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜军団を撃退するのであった。
