主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遗迹が発掘された。遗迹の文献からフォルモッサ・シェリルが导き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。そのイデオンは、异星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として语り継がれていたものだった。イデ捜索队队长のギジェ・ザラルに无断で、カララ・アジバが调査のためにソロ星（ロゴ・ダウ）へ向かう。コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人类は双方とも相手を异星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために异星人を歼灭しようとして戦火を拡大させた。コスモ达はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。
