省吾达の帰还から数百年が経った时代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人类の过ちを缲り返さない为に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が开始される。そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰还した际、彼を7Gのオペレーターと认めなかったクリエーター达は、バーチャルではなく人间であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。省吾はその支配から开放された直后、后を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う为……。
