学园ヴァンガード！？この物语の主人公・先导アイチが葛木カムイ、戸仓ミサキとチームを组みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。アイチの通う学校は优秀な生徒たちが集まる名门として知られる宫地学园高等部。ヴァンガードを介して友达となった森川カツミや井崎ユウタといった同级生たちは别の高校に进学し、アイチは孤独な环境で高校生活をスタートする。入学した当初は惯れない环境に戸惑ってばかりのアイチだったが、驯染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲间である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
