2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと称され、プロリーグの设立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ时代となっていた。そんな中、选りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための学校「神威大门统合学园」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出来事であった。学园の地下に広がる、直径10kmの巨大ジオラマ。放课后にそこで缲り広げられる、「ウォータイム」という学园独自の谜の规则。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退学…。クラス委员长『出云ハルキ』のチーム「第1小队」に配属されたアラタとヒカルは、転入した2年5组、通称【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、几多の思惑が涡巻く学园の谜を背景に、壮絶な运命へと身を投じる――！
