西暦2203年、银河系中心部の宇宙で大きな异変が生じた。异次元断层から别の银河が现れ、核恒星系付近で银河系同士の冲突が起こり、多くの星々が消灭した。古代进は宇宙戦舰ヤマトの舰长として地球防卫军の命を受け调査に向かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊灭的な被害を受けていた。 そんな中、その异次元断层から恒星间空间を回游する水惑星「アクエリアス」が现れ、ディンギル星を水没させる。ヤマトはディンギル星から一人の少年を救った后地球に向かうが、ディンギル帝国の舰队の攻撃にあい、航行不能となる。しかし、落下中の冲撃で自动操縦システムが働き、ヤマトは负伤した乗组员を乗せたまま地球へ向かう。 地球は帰还したヤマトの情报から水惑星の存在を确认。接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避难を开始したが、ディンギル舰队の巧みな戦术とハイパー放射ミサイルの攻撃の前に避难船団や地球舰队は全灭していき、地球は封锁されていく。ディンギルの长ルガール神官大総统は新たな移住先として地球を目指していた。そして地球に移住するためにディンギル人の取った方法とは、自らの星を水没させた水惑星「アクエリアス」を人工的にワープさせることで、同じく地球を水没させて地球人类を絶灭させた后に移住するというもの。 帰还したヤマトから奇迹的に救出された古代进は恋人森雪の悬命の看护で一命を取り留めたが、自分の判断ミスにより多くの乗组员の命を犠牲にしたと舰长を辞任する。その顷、ルガール2世率いる舰队は地球舰队を撃灭し、一歩一歩地球に向かっていた。これに対抗するのは、もはやヤマトしかなかった。古代もヤマトに乗り込もうとするが、自身が舰长を辞任したことで踌躇する。しかし、ヤマトの第一舰桥で闻いた初代舰长沖田十三の声にヤマトに乗り组む决意をする。 ヤマトの船出の日、地球防卫军长官より惊愕の発表がされた。ヤマトの舰长が沖田十三であることを。沖田はイスカンダルへの航海の途中、ヤマトの舰医佐渡酒造の诊断で死亡とされたが脳死には至っておらず、ヤマトのために戻ってきた。よみがえった沖田のもと、全地球の祈りを受けヤマトは発进した。
